Крымский полуостров осваивался человеком с давнейших времен. Этому способствовали удобное географическое положение и благоприятный климат.
Важным периодом в истории города является заселение его скифами, таврами и киммерийцами. Пребывание этих племён в Северном Причерноморье охватывает VII в. до н.э. - III в. н.э.

В конце VI - V вв. до н.э. во время греческой колонизации здесь возник античный город Керкинитида, названный по имени его основателя Каркеноса. Поселение представляло собой самостоятельный город-государство, который выпускал свою монету.

Во II в. до н.э. Керкинитида была захвачена скифами. В результате освободительных походов Диафанта - полководца понтийского царя Метридата VI Евпатора, город был освобожден от скифов.

В III в. н.э. на греческие поселения Таврики обрушивается нашествие остготских
племён, а в 375 г. вторгаются племена гуннов из Центральной Азии, которые нанесли окончательный разрушительный удар античной цивилизации.

В IV в. н.э. в Крыму наступает длительный период перехода от античной эпохи к средневековой. С конца VII по XI вв. н.э. на территории проживали хазары, печенеги, половцы.

В XIII в. на месте древней Керкинитиды турки основали город Гёзлёв. Это был крупный торговый порт, через него шла торговля со странами Средиземноморья. В те времена Гёзлёв считался крупнейшим работорговым центром с многонациональным населением.

К ХУШ в. борьба России за выход к Черному морю увенчалась успехом.

В 1774 г. Крым получил независимость от Турции. После подписания указа Екатериной II о присоединении Крыма к России, Гёзлёв в 1784 г. переименовали в Евпаторию.
Во время Крымской войны (1854-1856 гг.) город удерживали англо-французкие войска.
С середины Х1Хв. Евпатория начинает развивается как курорт, а в начале XX в. строятся первые санатории. В 1936 году Евпатория была признана Всесоюзной детской здравницей, насчитывалось 36 здравниц, которые были созданы в предвоенные годы. Считалось, что здесь лучшие морские купания и пляжи.
Очень пострадала Евпатория в военные годы. Во время ВОВ, в 1942 г. в Евпаторийской бухте был высажен отряд десантников, которые разгромили гарнизон противника, но из-за сильного шторма не получили помощь и почти все погибли. Героям в Евпатории установлено несколько памятников.
После ВОВ началось активное восстановление Евпатории. В 2003 году город праздновал свое 2500-летие.